Informačný Systém (http://is.muni.cz/) zabezpečuje od roku 1999 širokosiahlu elektronickú podporu pre správu univerzitných záznamov a dokumentov týkajúcich sa štúdia. Ponúka množstvo vzdelávacích nástrojov ako aj e-learning (http://elportal.cz/). Aplikácie umožňujú študentom jednoducho spravovať štúdium na svojej fakulte, vytvárať si vlastné študijné plány a rozvrhy a plánovať získavanie kreditov. Prínosom systému je presunutie vybavovanie požiadaviek zo Študijného oddelenia priamo na študentov a zjednodušenie akademických procesov. Systém vznikol na unikátnej technológií, ktorá umožňuje bezproblémový prenos kritických dát. Systém získal v roku 2005 ocenenie EUNIS Elite Award a v roku 2009 bol vo finále Itanium Solutions Alliance Innovation Award.