Po 10 rokoch pôsobenie vo výskumnom centre  JET (Joint European Torus) v pozícií inžiniera robotiky začal Jean-Francois Junger pracovať v Európskej komisii. V rokoch 1998 až 2001 pracoval v DG RTD a venoval sa témam odpadovej vody ako súčasti FP5 a endokrinným rozpadom. Ďalšie dva roky pôsobil v DG INFSO v softwarovom oddelení, kde mal na starosti Open Source Software. V roku 2003 sa stal členom oddelenia eTEN. Od roku 2007 je riaditeľom sektora v rámci novovzniknutého programu CIP ICT-5SP. V tejto pozícií sa venuje podpore a propagácií veľkých pilotných projektov členských štátov.