Ivan Ištvánffy je od apríla 2012 generálnym riaditeľom Národnej agentúry pre sieťové a elektronické služby. Od roku 2003 sa profesionálne venuje problematike implementácie projektov financovaných z fondov Európskej únie. V rokoch 2007 – 2010 pôsobil ako generálny riaditeľ a tajomník Rady vlády pre regionálnu politiku a dohľad nad štrukturálnymi operáciami  na Úrade vlády Slovenskej republiky.