Markus Sakari Miettinen
Markus Miettinen získal titul PhD. v teoretickej a výpočtovej fyzike pod vedením Mikka Karttunena na Aalto University v Helsinkách, Fínsko. Po tomto štúdiu pokračoval v postdoktorandskom výskume v Nemecku v skupinách Zoye Ignatovej (na Inštitúte pre biológiu a biochémiu na Postdamskej univerzite) a Rolanda Netza (na Katedre fyziky na Slobodnej univerzite v Berlíne). V roku 2016 sa pripojil k Oddeleniu teórie a bio-systémov, ktoré vedie Reinhard Lipowsky na Inštitúte Maxa Plancka (Potsdam, Nemecko), kde bol vedúcim výskumnej skupiny, až kým sa v roku 2022 nestal docentom na Katedre chémie Univerzity v Bergene (UiB) a vedúcim výskumnej skupiny pre výpočtovú biológiu na UiB v Nórsku.
Prihláste sa na Jesenná ITAPA 2024
-
Molekulárna dynamická simulácia
Hoci simulácie molekulárnej dynamiky (MD) sú široko používaným nástrojom v (bio)vedách, často nedokážu poskytnúť veritabilný popis konformácií a dynamiky simulovaných molekúl — čo je kľúčový predpoklad pre využitie MD na intuitívne interpretovanie takýchto vysokorozlišovacích experimentov. Tieto zlyhania možno do veľkej miery pripísať kvalite základných MD modelov (silových polí), ktorých zlepšovanie je bránené nedostatkom komplexného porovnania s experimentmi a zastaranými prístupmi, ako je ručné ladanie parametrov. Skupina pre modelovanie biomolekúl s vysokou vernosťou využíva prístupy otvorenej vedy na testovanie a optimalizačné metódy založené na dátach na zlepšenie biomolekulárnych silových polí. Usilujeme sa o to, aby sme takéto silovo-optimalizované MD urobili nástrojom pre integrovanú štruktúrnu biologiu: kombinovanie dát z viacerých experimentálnych techník na generovanie fyzikálne založených štruktúrnych modelov s vysokou vernosťou a realistickou štruktúrou a dynamikou. Tvrdím, že takýto prístup by mohol nakoniec vyvinúť MD do skutočného mikroskopu s rozlíšením v Ångströmoch.